Di season pertama B: The Beginning, dua pria menghadapi masa lalu mereka sendiri dengan pengorbanan besar. Detektif Maverick Keith Flick bertarung melawan iblisnya dan akhirnya mengungkap rahasia gelap di balik Kerajaan Cremona. Koku penyihir mutan akhirnya bersatu kembali dengan memori paling berharga dari masa kecilnya yang dicuri. Beberapa bulan telah berlalu sejak saat itu, dan seluruh dunia sepertinya telah melupakan kekacauan yang disebabkan oleh peristiwa-peristiwa tersebut. Saat Keith kembali ke Polisi Kerajaan untuk melakukan penyelidikannya sendiri, Koku dan Yuna mencoba menikmati kehidupan biasa dengan damai. Tetapi konsekuensi dari eksperimen Jaula Blanca jauh dari punah, seperti yang segera ditemukan Koku ketika rekan labnya yang diduga sudah mati, Kirisame, tiba-tiba muncul.
