Bertahun-tahun lalu, setelah berakhirnya perang dunia yang berdarah, umat manusia berlindung di enam negara kota yang damai dan sempurna … setidaknya di permukaan. Namun, Shion — seorang penduduk elit dari kota-negara bagian No. 6 — mendapatkan perspektif baru tentang dunia tempat dia tinggal, berkat kesempatan bertemu dengan seorang bocah misterius, Nezumi. Nezumi ternyata hanyalah salah satu dari banyak orang yang tinggal di gurun terpencil di balik tembok utopia yang seharusnya. Tetapi meskipun mengetahui bahwa bocah yang lain adalah buronan, Shion memutuskan untuk membawanya malam ini dan melindunginya, yang mengakibatkan konsekuensi drastis: karena tindakannya, Shion dan ibunya kehilangan status mereka sebagai elit dan dipindahkan ke tempat lain, dan sisi gelap kota mulai membuat dirinya dikenal.
Sekarang, lama setelah pertemuan pertama mereka yang mengubah hidup, Shion dan Nezumi akhirnya dipertemukan sekali lagi — mantan elit dan anak laki-laki dalam pelarian akan memulai petualangan yang, pada waktunya, akan mengungkapkan rahasia yang menghancurkan dari Nomor 6.