Anohana Movie ini bercerita tentang Seorang siswa SMA, bernama Jinta Yadomi, Suatu hari di musim panas, ketika Jinta sedang asik bermain video game ia dikejutkan oleh seorang gadis yang tiba-tiba muncul di hadapannya. Gadis itu tak lain dan takbukan adalah teman masa kecil Jinta yang bernama Meiko (Minami Hamabe), tetapi tampaknya itu tidak mungkin karena Meiko telah meninggal pada hari musim panas beberapa tahun lalu. Meiko memakai gaun putih yang sama ketika ia meninggal, tapi dia terlihat lebih tinggi sedikit. Dia mengatakan kepada Jinta bahwa dia memiliki keinginan dan itulah mengapa dia kembali sebagai hantu, tapi Meiko tidak ingat apa keinginannya itu.
