Hunter x Hunter Movie 2: The Last Mission bercerita tentang hunter-hunter terkuat terbagi menjadi dua kubu hitam dan putih yakni “kegelapan dan cahaya”, dimana mereka menyusuri jalan yang mereka percayai. Namun hunter-hunter kegelapan kini mulai bergerak dimana rencana mereka adalah pembantai semua Hunter. Gon, Killua, Kurapika pun terjebak dalam masalah yang semakin rumit ini. Ditambah rahasia gelap dari ketua Netero pemilik nen terkuat sekaligus ketua Asosiasi Hunter terungkap. Apakah yang akan dilakukan Gon setelah mengetahui rahasia gelap ketua Netero terungkap?