Jauh di Pegunungan Ararat Turki, sebuah organisasi rahasia yang dikenal sebagai ARCAM telah menemukan apa yang diyakini sebagai Bahtera Nuh. Namun, Korps Mesin AS, sebuah organisasi jahat Pentagon, ingin mengambil alih Bahtera sebagai sarana global supremasi. Hanya operasi ARCAM khusus yang dikenal sebagai Spriggan yang menghalangi mereka. Spriggan Jepang Yu Ominae bekerja sama dengan Spriggan Prancis Jean-Jacques Mondo untuk memerangi anggota Korps Mesin AS. dipimpin oleh Kolonel MacDougall—anak laki-laki yang ditingkatkan secara genetik dengan kekuatan psionik yang mematikan. Namun, mereka harus bertindak cepat dan menghentikan MacDougall sebelum dia menggunakan Tabut untuk agendanya sendiri.
