Academy City berdiri di garis depan kemajuan ilmiah dan teknologi, terkenal karena pengembangan esper mereka: mereka yang mampu menggunakan kemampuan manusia super yang mengubah aturan realitas. Yang paling kuat di antara mereka adalah Level 5, dan yang dikenal sebagai Accelerator berkuasa, bahkan setelah dilemahkan oleh cedera otak yang parah. Di sisinya adalah gadis muda yang dikenal sebagai Last Order, yang meskipun sikapnya dingin, ia memegang erat dan bersumpah untuk melindungi di semua biaya.
Meskipun Accelerator mungkin sudah pulih dari cederanya, sisi gelap Academy City tidak pernah berhenti, sehingga dia mendapati dirinya terjebak di tengah konflik baru. Ketika seorang wanita muda misterius mendekati Accelerator dalam mengejar Last Order, esper peringkat tertinggi dihadapkan oleh organisasi berbisa yang telah mengakar di Anti-Skill, organisasi penjaga perdamaian Academy City. Dengan kekuatan berbahaya bergerak yang mengancam untuk menempatkan Last Order dan saudara perempuannya dalam bahaya, penjahat yang memproklamirkan diri bersiap untuk melangkah ke kegelapan sekali lagi.