Di Thailand ada Roanapur, kota yang bejat dan penuh kejahatan di mana bahkan pemerintah atau gereja pun tidak tersentuh oleh cakar korupsi. Surga bagi narapidana dan orang yang merosot, kota ini terkenal sebagai pusat kegiatan dan operasi ilegal, yang sering kali dipicu oleh sindikat kejahatan lokal.
Masuklah Rokurou Okajima, seorang pengusaha Jepang rata-rata yang telah menjalani kehidupan yang membosankan dan monoton, ketika dia akhirnya mendapat kesempatan untuk mengubah kecepatan dengan perjalanan pengiriman ke Asia Tenggara. Perjalanan bisnisnya dengan cepat menurun saat Rokurou ditangkap oleh kelompok tentara bayaran yang beroperasi di Roanapur, yang disebut Black Lagoon. Kelompok tersebut berencana untuk menggunakan dia sebagai alat tawar-menawar dalam negosiasi yang akhirnya gagal. Sekarang ditinggalkan dan dikhianati oleh mantan majikannya, Rokurou memutuskan untuk bergabung dengan Black Lagoon. Untuk bertahan hidup, ia harus cepat beradaptasi dengan lingkungan barunya dan mempersiapkan diri untuk pertumpahan darah dan kesengsaraan yang akan datang.